Kontroversi
Harapan 500 peneroka Felda Sendayan , Labu, Negeri Sembilan untuk menjadi jutawan sepertimana peneroka di Felda LBJ Johnson, Labu hanya tinggal impian. Sebelumnya Isa Samad berusaha menukar status tanah peneroka itu agar lebih lumayan.
Pejabat PM umum lantikan Isa SamadNak tutup saman lama peneroka keatas Dr Yusoff Noor..kini Isa Samad di bawa masuk untuk .Masih
Digantung keahlian UMNO
Lembaga Disiplin Umno menggantung keahliannya selama tiga tahun (24 Jun 2005 hingga 23 Jun 2008) berhubung amalan politik wang dalam Perhimpunan Agung UMNO 2004 selepas menangi jawatan naib presiden. Lembaga Disiplin UMNO dipengerusikan oleh Tan Sri Tengku Ahmad Rithauddeen Ismail. Beliau bersalah terhadap lima daripada sembilan pertuduhan politik wang .Antaranya membabitkan penganjuran pertemuan, mengadakan majlis makan dan memberi wang untuk membeli undi.Salim Shariff yang juga Ketua Pemuda UMNO Bahagian Jempol turut digantung keahlian selama sepenggal atau tiga tahun.[2] .Semua jawatannya dalam parti, termasuk sebagai ketua Umno bahagian Teluk Kemang digantung. Pada 6 Julai 2005 , Majlis Tertinggi (MT) Umno menolak rayuan Isa Samad tapi mengurangkan hukuman penggantungan dari 6 tahun kepada 3 tahun sahaja. Pada 23 Jun 2008, Setiausaha Agung UMNO, Datuk Seri Tengku Adnan Tengku Mansor menghantar surat kepada Isa Samad.
Kes Isa Samad ini berkait dengan kenyataan oleh Datuk Seri Rais Yatim tentang 18 orang yang akan ditahan untuk disiasat oleh Badan Pencegah Rasuah. Ketika itu Rais Yatim merupakan Menteri Kehakiman Malaysia.
Berikutan daripada digantung keahlian, Mohd Isa telah meletakkan jawatan sebagai Menteri Wilayah Persekutuan pada 17 Oktober 2005.